阿蘇広域行政事務組合は、昭和63年4月に、それまで異なる一部事務組合により実施されていました常備消防、特別養護老人ホーム「阿蘇みやま荘」、養護老人ホーム「湯の里荘」、一般廃棄物処理施設(ごみ・し尿)、火葬施設、検診業務を複合した阿蘇郡6町6村の広域行政機構として発足しました。発足以来、社会生活圏の広域化に対応し、住民が快適な環境のもとで安心して生活できるよう、広域的な観点から社会資本の整備充実につとめてまいりました。
また、平成3年からはふるさと基金を設置し、各分野における施設の整備やサービスの提供による豊かな地域社会の建設に成果をあげてきました。
さらに、平成11年4月より、郡内北部地域の一般廃棄物処理施設(ごみ・し尿)、火葬施設を複合したほか、新たに介護保険認定審査会に係る事務及び職員研修に係る事務を加えました。また、一般廃棄物処理事業(ごみ)においては、平成13年度にRDF施設、平成15年にリサイクルプラザ施設も完成しました。これら環境衛生・消防救急・厚生福祉を3つの柱としたバランスのとれた広域行政機構として、昨今のめまぐるしい社会経済情勢の変化の中で、新たに対応しなければならない多くの課題に対し、豊かな自然と豊富な資源を活用して、広域的観点にたった圏域の総合的、重点的な地域づくりを目指しております。
また、平成17年2月には、新市町村合併特例法(合併新法)に基づき新市・村が誕生し、1市3町3村の枠組みと変わりました。